Po powstaniu styczniowym w Królestwie Polskim realnie samorząd miejski nie istniał, jednak formalnie ustawa o ustroju miejskim z 1861 roku nigdy nie została zniesiona, bowiem carski ukaz z dnia 23 lipca 1863 roku oraz postanowienie Rady Administracyjnej z dnia 30 sierpnia 1863 roku tylko tymczasowo przeniosły kompetencje rad miejskich na magistraty. Stworzone w ten sposób prowizorium prawne w praktyce przetrwało do czasu pierwszej wojny światowej, organem rządzącym miastami więc pozostawał na podstawie wcześniejszych przepisów magistrat w większych ośrodkach złożony z prezydenta i radnych, natomiast w mniejszych z burmistrza i ławników. Organami administracji w miastach były magistraty pochodzące z nominacji gubernatorów w przypadku miast gubernialnych lub naczelników powiatów w przypadku pozostałych ośrodków miejskich i podlegające ich nadzorowi.
Nazwa magistrat określająca władze miejskie wprowadzona została na podstawie ukazu carskiego z dnia 29 października 1842 roku i zastąpiła dotychczasowy Urząd Municypalny. Po upadku powstania styczniowego kompetencje rad miejskich przejęły właśnie magistraty reprezentowane przez prezydentów bądź burmistrzów oraz radnych bądź ławników. Rozporządzenie z grudnia 1866 roku O zarządzie gubernialnym i powiatowym dla Królestwa Polskiego oraz dodatkowe przepisy z 1869 roku ustaliły rolę magistratów jako najniższego organu administracyjnego, uzależniając ich działalność od władz gubernialnych. Reforma administracyjna pozbawiła magistraty wszelkiej samodzielności i sprowadziła je do roli wykonawców poleceń nadrzędnych władz.
Na czele magistratu stał prezydent, który posiadał głos decydujący w naradach, natomiast mianowani przez gubernatora radni tylko doradczy. Wszystkie uchwały zarządów miejskich były wykonywane dopiero po przejściu przez szereg formalności i zatwierdzeniu przez władze centralne w Petersburgu, tak więc w rzeczywistości działalność magistratów ograniczała się do przestrzegania przepisów prawa, ściągania podatków, nadzorze i ewidencji ludności, poborze rekrutów, ubezpieczeniach ogniowych, kwaterunkach oraz handlu miejskim.
Rządy gubernialne uzyskały szereg prerogatyw w sprawach zarządu miejskiego, m. in. podejmowały decyzje ostateczne odnośnie udzielania pożyczek z miejskich funduszy osobom prywatnym i miastom na budownictwo, wyznaczania terenów fabrycznych, sprzedaży, wywłaszczania i nabywania nieruchomości miejskich oraz umarzania długów. Magistratom odebrano również samodzielność w sprawach dotyczących budżetu, oświaty, wychowania, dobroczynności oraz szpitali. Duże uprawnienia posiadali tutaj wicegubernatorzy, którzy czuwali nad prawidłową realizacją poszczególnych funduszy, kaucji i kapitałów, emerytur oraz wydawali dotyczące kontroli kas miejskich rozporządzenia.
W latach 1869-1870 w Królestwie przeprowadzono tzw. reformę miejską, w której wyniku na 452 miast i miasteczek Królestwa prawa miejskie utraciło aż 336. Reforma ta odbierana była wprawdzie jako jedna z represji popowstaniowych, jednak tendencje zmierzające do likwidacji miasteczek nie będących w stanie utrzymać własnej administracji zaznaczyły się już pod koniec XVIII stulecia. Na podstawie ukazu carskiego z dnia 1 czerwca 1869 roku o przemianowaniu na osady niektórych miast, w Królestwie przeprowadzono reformę, w wyniku której prawa miejskie zachowało 116 miast, natomiast pozostałe 336 miast tracących uprawnienia nazwano osadami. Osady te zostały włączone do istniejących gmin wiejskich lub też utworzyły oddzielne gminy. Kryterium przemianowania było występowanie w mieście co najmniej dwóch z trzech warunków:
- liczba ludności poniżej 3 tys. mieszkańców;
- mieszczanie − rolnicy stanowiący co najmniej 50% ogólnej liczby właścicieli nieruchomości;
- roczne dochody miejskie nie przekraczające 1. 500 rubli.
Władze carskie udzielały szeregu przywilejów obywatelom rosyjskim, którzy zamierzali podjąć służbę w administracji Królestwa, jednak mimo tego napływ Rosjan był ograniczony. Obsadzali oni wyższe stanowiska w rządach gubernialnych i instytucjach centralnych, natomiast raczej nie trafiali do administracji na szczeblu zarządów miejskich nawet w miastach gubernialnych.